Tým profesora Milana Chytrého z Ústavu botaniky a zoologie zhodnotil pro Agenturu ochrany přírody a krajiny bezmála 160 míst, od rašelinišť, která podle vědců potřebují speciální ochranu, přes lesy, louky až po biotopy se skalami, sutí a křovinami, které jsou na tom naopak nejlépe. Čtrnáct z nich tým zařadil mezi kriticky ohrožené.
Největší zastoupení mají mezi nimi rašeliniště. Mnohá z nich zanikla kvůli melioracím, jiná kvůli těžbě rašeliny. Nyní situaci komplikuje sucho a hospodaření v okolí rašelinišť, mj. splavování pesticidů a hnojiv z polí do mokřin.
Mezi rašeliniště, která je podle vědců nutné chránit přísněji než dřív, patří Radostinské rašeliniště ve Žďárských vrších a Soběslavská blata u Tábora. Hlavně je třeba v nich udržet vodu pomocí zahrazení odtokových kanálů, které lze v lepším případě nechat zarůst. Po zavodnění krajiny je pak možné napomoci k návratu některých rostlinných druhů.
K ohroženým biotopům patří i panonské písečné stepi, pro které je typickou rostlinou kavyl. Lze je najít jen v oblasti Bzence, v tzv. moravské Sahaře. Jde o oblast s písčitým podložím, v níž ještě v 19. století řádily písečné bouře.