Go to main content | Go to main menu | Go to search

Project information
Efektivní výpočty volných energií a konfiguračního vzorkování protein-proteinových interakcí

Information

This project doesn't include Faculty of Science. It includes Central European Institute of Technology. Official project website can be found on muni.cz.
Project Identification
GF15-34684L
Project Period
1/2015 - 12/2017
Investor / Pogramme / Project type
Czech Science Foundation
  • LA Grants
MU Faculty or unit
Central European Institute of Technology
Cooperating Organization
Universität für Bodenkultur Wien

Navrhovaný mezioborový projekt mezinárodního vědeckého týmu je zaměřen na vývoj efektivních metod výpočtu volných energií a konfiguračního vzorkování za účelem studia proteinových komplexů. Jako modelové systémy budou sloužit proteiny z rodiny 14­‐3­‐3 a jejich interakce s vybranými fosforylovanými proteiny/peptidy. V nevazebném stavu se vazebné oblasti interakčních partnerů proteinu 14­‐3-‐3 nachází v přirozeně neuspořádané konformaci. Jednotlivé konformační stavy vazebných proteinů budou studovány pomocí NMR experimentů s neuniformním vzorkováním v kombinaci s výpočetními metodami H­‐REMD a T­‐REMD. Dále bude v rámci projektu rozšířena metoda kombinující fitování třetího stupně/jedno-­‐krokovou perturbací za účelem vytvoření univerzálního modelu pro výpočet rozdílu volných energií mezi aminokyselinami. Na základě těchto dat budeme schopni efektivně předpovídat afinity vazebných partnerů proteinu 14‐3-3.

Publications

Total number of publications: 9

2021

2020

2019

2018

2017

You are running an old browser version. We recommend updating your browser to its latest version.