Mendelovo muzeum se stalo nedílnou součástí Masarykovy univerzity. Jeho rozvoj v rámci univerzity je směřován k prohloubení vztahů s veřejností a propojení teoretických činností s praxí.
Zůstaly zachovány hlavní úkoly, kterými jsou: zvýšení kulturní úrovně univerzity, představení génia G. J. Mendela, propojení jednotlivých částí univerzity, budování muzejních expozic za účastí studentů školy, zapojení studentů především filozofické, pedagogické a přírodovědecké fakulty do muzejního dění, a to přímou spoluprací na řešení výstav, jejich návrhů a lektorských programů.