doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.

2021

• Computational design of enzymes for biotechnological applications

  PLANAS IGLESIAS Joan MARQUES Sérgio Manuel RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar MUSIL Miloš ŠTOURAČ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Biotechnology Advances, rok: 2021, ročník: 47, vydání: March–April, DOI

• Computational enzyme design for metabolic engineering

  DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk MAREK Martin MAZURENKO Stanislav ŠTOURAČ Jan MARQUES Sérgio Manuel FONSECA PINTO Gabriela Filipa PLANAS IGLESIAS Joan MUSIL Miloš HON Jiří VÁVRA Ondřej KHAN Rayyan Tariq FILIPOVIČ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2021, druh: Konferenční abstrakty

• Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers

  MARKOVÁ Klára KUNKA Antonín CHMELOVÁ Klaudia HAVLÁSEK Martin BABKOVÁ Petra MARQUES Sérgio Manuel VAŠINA Michal PLANAS IGLESIAS Joan CHALOUPKOVÁ Radka BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří MAREK Martin

  Článek v odborném periodiku

  ACS Catalysis, rok: 2021, ročník: 11, vydání: 21, DOI

• Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi

  MAREK Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David PLUSKAL Daniel MAJEROVÁ Marika PLANAS IGLESIAS Joan

  Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek)

  Rok: 2021

• Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase

  TOUL Martin SMITH Andrea RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar MAREK Martin HERNYCHOVÁ Lenka LIŠKOVÁ Veronika PLUSKAL Daniel EMOND Stephane DÖRR Mark PLANAS IGLESIAS Joan CHALOUPKOVÁ Radka BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk BORNSCHEUER Uwe T. HOLLFELDER Florian DAMBORSKÝ Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2021, druh: Konferenční abstrakty

• Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase

  SCHENKMAYEROVÁ Andrea RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar TOUL Martin MAREK Martin HERNYCHOVÁ Lenka PLANAS IGLESIAS Joan LIŠKOVÁ Veronika PLUSKAL Daniel VAŠINA Michal EMOND Stephane DÖRR Mark CHALOUPKOVÁ Radka BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk HOLLFELDER Florian BORNSCHEUER Uwe T. DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nature Communications, rok: 2021, ročník: 12, vydání: 1, DOI

• Exploring mechanism of enzyme catalysis by on-chip transient kinetics coupled with global data analysis and molecular modeling

  HESS David DOČKALOVÁ Veronika KOKKONEN Piia Pauliina BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří DEMELLO Andrew PROKOP Zbyněk STAVRAKIS Stavros

  Článek v odborném periodiku

  Chem, rok: 2021, ročník: 7, vydání: 4, DOI

• FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

  MUSIL Miloš KHAN Rayyan Tariq BEIER Andy ŠTOURAČ Jan KONEGGER Hannes DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 22, vydání: 4, DOI

• FireProt(DB): database of manually curated protein stability data

  ŠTOURAČ Jan DUBRAVA Juraj MUSIL Miloš HORÁČKOVÁ Jana DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2021, ročník: 49, vydání: D1, DOI

• Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

  KHAN Rayyan Tariq MUSIL Miloš DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Current Protocols, rok: 2021, ročník: 1, vydání: 2, DOI