prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2008

• General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility

  BANAS Pavel RULISEK Lubomir HANOSOVA Veronika SVOZIL Daniel WALTER Nils SPONER Jiri OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 35

• Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids

  SVOZIL Daniel SPONER Judit MARCHAN Ivan PEREZ Alberto CHEATHAM Thomas FORTI Ferda LUQUE Javier OROZCO Modesto SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 27

• Tautomeric Equilibrium, Stability, and Hydrogen Bonding in 2-Deoxyguanosine Monophosphate Complexed with Mg2+

  KOSENKOV Dmytro GORB Leonid SHISHKIN Oleg SPONER Jiri LESZCZYNSKI Jerzy

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2008, ročník: 112, vydání: 1

• Theoretical Study on the Factors Controlling the Stability of the Borate Complexes of Ribose, Arabinose, Lyxose, and Xylose

  SPONER Judit E SUMPTER Bobby LESZCZYNSKI Jerzy ŠPONER Jiří FUENTES-CABRERA Miguel

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry – A European Journal, rok: 2008, ročník: 32/2008, vydání: 14

2007

• Computational studies of nucleic acids, advances and failures

  ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Modeling Interactions in Biomolecules III, rok: 2007

• Conformations of flanking bases in HIV-1 RNA DIS kissing complexes studied by Molecular Dynamics

  RÉBLOVÁ Kamila FADRNÁ Eva JOANNA Sarzynska KULINSKI Tadeusz KULHÁNEK Petr ENNIFAR Eric KOČA Jaroslav SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2007, ročník: 93, vydání: 11

• Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: molecular dynamics of the GTPase-associated center rRNA

  RÁZGA Filip KOČA Jaroslav MOKDAD Ali ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2007, ročník: 35, vydání: 12

• Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study

  RÁZGA Filip KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Strukturní biofyzika makromolekul II, rok: 2007

• Human telomeric G-DNA - a test example for force field adjustment

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda SVOZIL Daniel ŠPONER Jiří KOČA Jaroslav

  Článek ve sborníku

  Journal Of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2007

• Molecular dynamics simulations of quadruplex DNA.

  ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  First international meeting on quadruplex DNA,, rok: 2007