Informace o projektu
Molecular portraits of major morphological components of colon tumors
- Kód projektu
- GA19-08646S
- Období řešení
- 1/2019 - 6/2022
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Další fakulta/pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
- Spolupracující organizace
-
Masarykův onkologický ústav Brno
- Odpovědná osoba Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Intra-tumor heterogeneity (ITH) is a major hurdle towards designing and selecting effective therapies and constitutes probably one of the main sources of treatment resistance. In this project we will investigate the ITH from a transcriptomics perspective by analyzing the spatial variability of whole-genome expression profiles within stage II-III primary colon tumors. Expression profiles extracted from morphologically well-defined regions within tumors will be used for building characteristic molecular portraits and for studying the stability of current prognostic gene signatures and consensus molecular subtype (CMS) classifiers. By anchoring the RNA extraction to clear tissue architecture landmarks, we improve the reproducibility of expression profiling and, thus, of expression-based prognostic signatures and classifiers. Additionally, these data will allow bioinformatic analyses for expression signal decomposition into individual components related to specific morphologies.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 3
2023
-
IntOMICS: A Bayesian Framework for Reconstructing Regulatory Networks Using Multi-Omics Data
Journal of Computational Biology, rok: 2023, ročník: 30, vydání: 5, DOI
-
Molecular portraits of colorectal cancer morphological regions
eLife, rok: 2023, ročník: 12, vydání: Nov, DOI
2022
-
Using empirical biological knowledge to infer regulatory networks from multi-omics data
BMC Bioinformatics, rok: 2022, ročník: 23, vydání: 1, DOI