prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2004

• Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠTEFL Richard KOČA Jaroslav CHEATHAM Thomas E. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2004, ročník: 87, vydání: 1

• Molekulově Dynamická simulace flexibilních RNA motivů

  RÁZGA Filip KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří LEONTIS Neocles B.

  Článek ve sborníku

  Sborník abstraktů Studentská vědecká konference v oboru chemie a biochemie, rok: 2004

• Ribosomal RNA Kink-turn Motif - A Flexible Molecular Hinge

  RÁZGA Filip ŠPAČKOVÁ Naďa RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles B. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, rok: 2004, ročník: 22, vydání: 2

• Ribosomal RNA Kink-turn motif - a flexible molecular hinge

  RÁZGA Filip ŠPAČKOVÁ Naděžda RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles B. ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Conference on Current Trends in Computational Chemistry, rok: 2004

2003

• Conformational Flexibility of DNA sequences studied by Advanced Molecular Mechanics and Dynamics Tools

  FADRNÁ Eva ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠPONER Jiří KOČA Jaroslav

  Článek ve sborníku

  Book of Abstracts, rok: 2003

• Formation Pathways of a Guanine-Quadruplex DNA Revealed by Molecular Dynamics and Thermodynamics Analysis of the Substates

  ŠTEFL Richard CHEATHAM Thomas E. ŠPAČKOVÁ Naděžda FADRNÁ Eva BERGER Imre KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2003, ročník: 85, vydání: 3

• Molecular Dynamics of Guanine Quadruplex Molecules

  ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠTEFL Richard BERGER Imre FADRNÁ Eva KOČA Jaroslav CHEATHAM III T.E. ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Book of Abstracts, rok: 2003

• Molecular dynamics simulations of RNA kissing loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠPONER Judit KOČA Jaroslav ŠPONER Jiři

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2003, ročník: 31, vydání: 23

• Non-Watson-Crick Base Pairing and Hydration in RNA motifs: Molecular Dynamics of 5S rRNA Loop E

  RÉBLOVÁ Kamila ŠPAČKOVÁ Naděžda KOČA Jaroslav LEONTIS Neocles ŠPONER Jiří

  Článek ve sborníku

  Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2003

• Non-Watson-Crick Basepairing and Hydration in RNA Motifs:

  RÉBLOVÁ Kamila SPACKOVÁ Nadezda STEFL Richard CSASZAR Kristina KOCA Jaroslav LEONTIS Neocles SPONER Jiri

  Článek v odborném periodiku

  Biophysical Journal, rok: 2003, ročník: 84, vydání: 6