prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2015

• Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr KREPL Miroslav KOČA Jaroslav NEIDLE Stephen HAIDER Shozeb ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 18, DOI

• Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations

  STADLBAUER Petr KUHROVÁ Petra BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav BUSSI Giovanni TRANTÍREK Lukáš OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 20, DOI

• High-energy chemistry of formamide: A unified mechanism of nucleobase formation

  FERUS Martin NESVORNÝ David ŠPONER Jiří KUBELÍK Petr MICHALČÍKOVÁ Regina SHESTIVSKÁ Violetta ŠPONEROVÁ Judit CIVIŠ Svatopluk

  Článek v odborném periodiku

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, rok: 2015, ročník: 112, vydání: 3, DOI

• Chemical Feasibility of the General Acid/Base Mechanism of glmS Ribozyme Self-Cleavage

  DUBECKÝ Matúš WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2015, ročník: 103, vydání: 10, DOI

• Insights from 10 μs-scale molecular dynamics simulations of human telomeric quadruplexes

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr HAIDER Shozeb ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2015, druh: Konferenční abstrakty

• Insights into Stability and Folding of GNRA and UNCG Tetra loops Revealed by Microsecond Molecular Dynamics and Well-Tempered Metadynamics

  HALDAR Susanta KUHROVÁ Petra BANÁŠ Pavel SPIWOK Vojtěch ŠPONER Jiří HOBZA Pavel OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 8, DOI

• Intermediates in Folding of Human Telomeric Quadruplexes Studied by Molecular Dynamics Simulations

  STADLBAUER Petr ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2015, druh: Konferenční abstrakty

• Microsecond-Scale MD Simulations of HIV-1 DIS Kissing-Loop Complexes Predict Bulged-In Conformation of the Bulged Bases and Reveal Interesting Differences between Available Variants of the AMBER RNA Force Fields

  HAVRILA Marek ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr BANÁŠ Pavel KREPL Miroslav OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 49, DOI

• Molecular dynamic simulations of protein/RNA complexes: CRISPR/Csy4 endoribonuclease

  ESTARELLAS MARTIN Carolina OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav BANÁŠ Pavel KREPL Miroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, rok: 2015, ročník: 1850, vydání: 5, DOI

• Quantum Chemical Benchmark Study on 46 RNA Backbone Families Using a Dinucleotide Unit

  KRUSE Holger MLÁDEK Arnošt GKIONIS Konstantinos HANSEN Andreas GRIMME Sstefan ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 10, DOI