prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2015

• RADIKÁLOVÁ SYNTÉZA NUKLEOVÝCH BÁZÍ Z FORMAMIDU V IMPAKTNÍM PLAZMATU

  FERUS Martin KNÍŽEK Antonín ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit CIVIŠ Svatopluk

  Článek v odborném periodiku

  CHEMICKÉ LISTY, rok: 2015, ročník: 109, vydání: 6

• Reactive Conformation of the Active Site in the Hairpin Ribozyme Achieved by Molecular Dynamics Simulations with epsilon/zeta Force Field Reparametrizations

  MLÝNSKÝ Vojtěch KÜHROVÁ Petra ZGARBOVÁ Marie JUREČKA Petr WALTER Nils G. OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 11, DOI

• Refinement of the Sugar-Phosphate Backbone Torsion Beta for AMBER Force Fields Improves the Description of Z- and B-DNA

  ZGARBOVÁ M. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal CHEATHAM T.E. GALINDO-MURILLO R. JUREČKA P.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 12, DOI

• Stacked and H-Bonded Cytosine Dimers. Analysis of the Intermolecular Interaction Energies by Parallel Quantum Chemistry and Polarizable Molecular Mechanics.

  GRESH Nohad ŠPONEROVÁ Judit DEVEREUX Mike GKIONIS Konstantinos COURCY DE Benoit PIQUEMAL Jean-Philip ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 30, DOI

• Tetraloop-like Geometries Could Form the Basis of the Catalytic Activity of the Most Ancient Ribooligonucleotides

  STADLBAUER Petr ŠPONER Jiří COSTANZO Giovanna DI MAURO Ernesto PINO Samanta ŠPONEROVÁ Judit

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry - A European Journal, rok: 2015, ročník: 21, vydání: 9, DOI

• The role of an active site Mg2+ in HDV ribozyme self-cleavage: Insights from QM/MM calculations

  MLÝNSKÝ Vojtěch WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• Towards biochemically relevant QM computations on nucleic acids: controlled electronic structure geometry optimization of nucleic acid structural motifs using penalty restraint functions

  KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 2, DOI

• Untemplated Nonenzymatic Polymerization of 3 ',5 ' cGMP: A Plausible Route to 3 ',5 '-Linked Oligonucleotides in Primordia

  ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří GIORGI Alessandra DI MAURO Ernesto PINO Samanta COSTANZO Giovanna

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2015, ročník: 119, vydání: 7, DOI

• Wobble pairs of the HDV ribozyme play specific roles in stabilization of active site dynamics

  SRIPATHI Kamali N. BANÁŠ Pavel RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal WALTER Nils G.

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2015, ročník: 17, vydání: 8, DOI

2014

• Are Waters around RNA More than Just a Solvent? - An Insight from Molecular Dynamics Simulations

  KUEHROVA Petra OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2014, ročník: 10, vydání: 1, DOI