Projekt je zaměřen na výzkum metod pro vizualizaci proteinů. Pomocí metod počítačové geometrie jsou analyzovány prostorové vztahy v proteinových strukturách a vyhledávány tunely, které mají výrazný vliv na reaktivní schopnosti proteinu. Pro analýzu rozsáhlých proteinů jsou využity 3D Voroného diagramy. Je řešena identifikace významných tunelů a jejich vývoj v časovém intervalu. Projekt také řeší nové metody vizualizace pomocí prostředků virtuální reality, které zviditelní detaily analýzy proteinu. Pro proteiny s vysokou složitostí bude vyvinuta metoda významem řízené vizualizace.
Další část projektu se zaměří na interaktivní modifikaci proteinové struktury ve zvolených oblastech tunelů pomocí výměny reziduí a jejich rotamerů. Zde budou aplikovány metody počítačové geometrie spolu s kombinatorickými přístupy. Současně bude nutné řešit problematiku detekce kolizí mezi atomickými strukturami. Kromě základního výzkumu bude výsledkem projektu interaktivní aplikace pro proteinové inženýrství.

Publikace