Informace o projektu
Studium hydratace a flexibility enzymů pomocí pokročilých strukturních a biofyzikálních metod
- Kód projektu
- GA17-24321S
- Období řešení
- 1/2017 - 12/2019
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Spolupracující organizace
-
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
- Odpovědná osoba doc. Mgr. Ivana Kutá Smatanová, Ph.D.
Komplexní pohled na struktury proteinů, solvataci, dynamiku a funkci se neustále vyvíjí a je zcela zásadní tam, kde vnitřní flexibilita proteinu úzce souvisí s enzymovou katalýzou. Hlavním cílem projektu je popsat souvislosti mezi hydratací, konformační dynamikou a katalýzou vybraných modelových enzymů. Tři modelové systémy, zahrnující halogenalkandehalogenasy DhaAwt, DhaA31, několik LinB variant s modifikovanými přístupovými tunely a také blízce příbuzná luciferasa, budou studovány pomocí metod rentgenové a neutronové krystalografie, časově rozlišené krystalografie a metody výměny vodíku za deuterium spojené s hmotnostní spektrometrií. Na základě pečlivě navržených experimentů a kombinací informací získaných z různých, ale vzájemně se doplňujících technik, budeme schopni získat (i) detailní popis konformačních změn vybraných enzymů na základě jejich interakcí se substráty, (ii) určit polohu atomů vodíku uvnitř aktivního místa enzymu a v přístupových tunelech a (iii) popsat protonační stav katalytických aminokyselin enzymů v průběhu jejich katalytického cyklu.
Publikace
Počet publikací: 13
2018
-
Impact of the access tunnel engineering on catalysis is strictly ligand-specific
the FEBS Journal, rok: 2018, ročník: 285/2018, vydání: 8, DOI
2017
-
Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites
Angewandte Chemie International Edition, rok: 2017, ročník: 56, vydání: 17, DOI
-
Haloalkane dehalogenases as a subject for crystallographic studies
Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty